Анатолий Клёсов - Кому мешает ДНК-генеалогия?
И сейчас Балановский опять твердит о том же подходе, про «популяцию, для которой известно время ее основания», и – цитирую – «скорость мутирования STR-маркеров Y-хромосомы была определена в работе (Животовский, 2004) на двух примерах… популяции маори… в результате миграции полинезийцев не позднее 800 лет назад, и популяции цыган Болгарии… около 900-1000 лет назад». Но мы уже видели, что там была за калибровка. При этом Балановский пишет – «к сожалению, других работ по калибровке скорости мутирования Y-STR маркеров не было проведено, поэтому отсутствуют независимые подтверждения (как, впрочем, и опровержения) этой скорости» (то есть «скорости Животовского). То есть Балановский делает вид, что не знает о серии работ по калибровкам констант скоростей мутаций в ДНК-генеалогии за последние 8 лет, и о существовании главы 16 в книге «Происхождение славян» (Москва, 2013), в которой все эти «калибровки» Животовского на многих страницах были детально разобраны и отвергнуты, данные по маори и цыганам пересчитаны, и показано, что никакой «скорости Животовского», она же «популяционная скорость», не существует. А Балановский без стеснения к ней опять возвращается. Разумеется, ни слова про огромный ущерб от этой «популяционной скорости», который фактически погубил популяционную генетику как науку, у Балановского нет. Как нет ни слова и про ошибочные статьи самих Балановских, которые активно использовали этот неверный «метод Животовского». И понятно, почему – как только он в этом сознается, встанет вопрос про отзыв многих статей Балановских и их последователей.
«Длина поколения» по Балановскому
Нет, Балановский определенно необучаем. Последние 8 лет я объясняю, что продолжительность поколения автоматически входит в константу скорости мутации, потому что при делении числа мутаций на число гаплотипов в серии автоматически получается произведение kt, где k – константа скорости мутации, t – время, прошедшее от общего предка рассматриваемой серии гаплотипов (при условии, конечно, что предок был один, и это позволяет установить логарифмический метод в паре с линейным). Как я уже пояснял, время удобнее выражать в условном числе поколений, потому что в годах величина k будет иметь много нулей, что создает практические неудобства. Видно, что какую продолжительность поколения ни брать, константа скорости мутации сама подстроится, при известной величине kt, которая и определяется калибровкой. Если взять продолжительность поколения в 25 лет (потому она и «условная», потому что принимается как математическая величина, вместо «плавающей» абсолютной величины поколения в годах, которая зависит от культурных, религиозных, бытовых факторов, войн, эпидемий и проч., и бессмысленно ее пытаться определять в науке; ее постулируют правительственные и неправительственные огранизации, такие, как ООН, ЮНЕСКО и прочие, для целей скорее организационных). Величины кумулятивных констант скоростей мутаций, приведенные выше, как 0.02 мутаций на условное поколение (25 лет) для 12-маркерных гаплотипов, 0.0365 для 17-маркерных, 0.046 для 25-маркерных, 0.09 для 37-маркерных, 0.12 для 67-маркерных, 0.198 для 111-маркерных – они все откалиброваны для 25 лет на условное поколение. Если по какой-либо загадочной причине взять другую продолжительность поколения, то константы скорости перестроятся, адаптируются, и конечный результат получится точно таким же.
Приведу пример. Для 67-маркерных гаплотипов средняя константа скорости мутаций равна 0.12 на гаплотип на условное поколение в 25 лет. Поэтому при 120 мутаций на 50 гаплотипов общий предок этих 50 гаплотипов жил 120/50/0.12 = 20 условных поколений назад, то есть 20х25 = 500 лет назад. Если кому-то не нравится величина 25 лет на условное поколение (правда, причины такой нелюбви к 25 годам на поколение будут загадочными), и этот некто захочет использовать 30 лет на поколение, то нет проблем, просто константу скорости мутации придется пропорционально пересчитать, и она получится 0.12х30/25 = 0.144 мутаций на поколение в 30 лет. Тогда для 120 мутаций имеем 120/50/0.144 = 16.666 поколений по 30 лет, или те же 500 лет до общего предка. От чего ушли, к тому же и пришли.
А что пишет Балановский, несмотря на мои многолетние разъяснения? Ах, да, он же не читатель, он писатель. К тому же писатель необучаемый. Он пишет – «В данном исследовании во всех методах нам пришлось пользоваться двумя разными величинами длины поколения для двух мутационных скоростей. При использовании эволюционной скорости мутирования, длина поколения принималась равной 25 лет… (Животовский, 2004). При использовании генеалогической скорости мутирования, длина поколения принималась равной 30 годам…». Мало того, что он продолжает держаться за «эволюционную скорость» Животовского, что никакого смысла не имеет, он продолжает не понимать, что 30 лет на поколение по определению должно входить в «генеалогическую скорость», а для Балановского «генеалогическая скорость» – нечто застывшее, одинаковое для всех маркеров. Опять приходится повторить, что он так и не понял, что в гаплотипы разных форматов входят свои комбинации маркеров, и у каждого своя константа скорости мутаций, а значит, нет некой одной «генеалогической скорости», они все разные. Но у попгенетики свои представления, от науки далекие. И культивируют их, в частности, Балановские.
«Датировки по полным сиквенсам Y-хромосомы» по Балановскому
В своей «дискуссии» Балановский затронул и датировки по снипам. Надо сказать, что отпечаток примитивизма и непонимания сути вопроса в полной мере присущ и этой части статьи. Это становится ясным уже в самом начале изложения, когда Балановский пишет – «Метод расчета возраста гаплогрупп по полногеномным данным столь прозрачен, что обычно даже не обсуждается». Не обсуждается только среди таких же примитивов. На самом деле, в этом методе масса неясностей, подводных камней, недоговоренностей, технических проблем. Без сомнения, метод датировки по снипам – крупный шаг вперед, но он еще не готов для надежного применения. Балановский в силу своей ограниченности видит только один аспект этого метода – выявление средней скорости мутаций на нуклеотид в год, которая в последний год-два постепенно сходится к величине 0.8 × 10-9 на нуклеотид в год, как цитирует Балановский. И Балановский в силу той самой ограниченности, присущей типичному технику-лаборанту, считает, что дело сделано, метод создан. Ничего подобного, это только начало.
А дальше – две огромных неясности: сколько именно снип-мутаций ведет к тому узлу (нужному снипу), датировку которого нужно определить, и сколько лет приходится на снип-мутацию в каждом конкретном случае. С этим связана еще одна неясность – какой средний размер Y-хромосомы анализируется, и какое там распределение по размерам фрагментов. Последний фактор по сути углубляет и первую, и вторую неясность. А средняя скорость мутаций, 0.8 × 10-9 на нуклеотид в год, которую Балановский только и рассматривает, оказывается самым маловажным параметром, поскольку число нуклеотидов очень часто остается неопределенным – ну, и куда эту скорость привязать? Вот и получается погрешность расчетов по снипам зачастую на уровне ±30 %-50 %, часто и намного больше. А у Балановского – «столь прозрачен, что обычно даже не обсуждается». Остается только руками развести от такого примитивизма «мысли».
Поясню на нескольких примерах. Ниже приведена диаграмма Y-хромосомных линий для 77 носителей субклада R1a-Z280. Числа в нижней части диаграммы показывают число снипов от узла Z280 до настоящего времени для каждого из 77 человек. В идеале это число снипов должно быть у всех одинаково, но в реальности картина сложнее. Никакой «прозрачности, что даже не обсуждается», как представляется Балановскому с его ограниченными представлениями, там не и близко. На самом деле это число снипов варьируется от 22 (один человек) до 45 (два человека). Медиана – 36 снипов (7 человек), максимальное число человек (10) имеют 37 снипов, средняя величина – 35 снипов. Как считать будем, если все так прозрачно? Куда будем вставлять среднюю скорость мутации 0.8 × 10-9 на нуклеотид в год, которую приводит Балановский? Как он пишет, если секвенируют фрагмент Y-хромосомы размером в 10 миллионов нуклеотидов, то «одна мутация произойдет в среднем за 120 лет… значит, за тысячу лет… произойдет уже целых восемь мутаций, то есть по числу мутаций можно оценить возраст гаплогруппы с приемлемой статистической погрешностью». Балановский в присущей ему вязкой, неквалифицированной манере изложения не поясняет, что такое «приемлемая статистическая погрешность», так что придется нам опять за него это показать. Итак, если считать по средней величине, то снип Z280 образовался 35 × 120 = 4200 лет назад, если по медиане, то 4320 лет назад, если по максимальному представительству, то 4440 лет назад. Но это без разброса по числу снипов, и так считать неправильно, а на самом деле должно быть между 2640 и 5400 лет назад. Это как, «приемлемая статистическая погрешность», или как? И все ли там «так прозрачно, что даже не обсуждается»? Так и про «скорость Животовского» писали, а сейчас Балановский чешет голову, и говорит примерно «как же так? Разница-то в три раза»… У попгенетиков все так, «прозрачно».
